Fluorescencja pochodząca od poszczególnych barwników fluorescencyjnych jest rejestrowana w poszczególnych kanałach urządzenia do przeprowadzenia reakcji Real Time PCR zdefiniowanych poprzez określony układ filtrów wzbudzenia/emisji. Jednakże ze względu na charakter widm emisji poszczególnych barwników fluorescencyjnych sygnał pochodzący od danego barwnika reporterowego jest wykrywany nie tylko w przeznaczonym dla niego kanale, ale jest również wykrywany w sąsiednich kanałach. Na przykład, fluorescencja pochodząca od barwnika FAM jest rejestrowana nie tylko w kanale przeznaczonym dla FAM (510 nm), ale również w kanale przeznaczonym dla barwnika HEX. W przypadku wykonania reakcji typu „duplex” z barwnikami FAM i HEX urządzenie w kanale 580 nm będzie rejestrowało fluorescencję zarówno od HEX, jak i od FAM. Aby wskazać urządzeniu, jaka część rejestrowanego sygnału pochodzi od poszczególnych barwników reporterowych należy wykonać kompensację kolorów. Color Compensation Set 3/6 Kompensacja kolorów polega na wykonaniu szeregu reakcji Real Time PCR typu „singleplex” z sondami wyznakowanymi poszczególnymi barwnikami fluorescencyjnymi, które będą używane w reakcji typu „multiplex”. Następnie urządzenie odczytuje widma dla poszczególnych barwników ustalając intensywność sygnału fluorescencyjnego rejestrowanego w poszczególnych kanałach. Odczytane widma są kompilowane w tzw. „CC Object”, który jest wczytywany podczas analizy wyników z kolejnych reakcji Real Time PCR. Umożliwia to „oczyszczenie” sygnału rejestrowanego dla danego barwnika fluorescencyjnego w określonym kanale ze składowych pochodzących od innych barwników fluorescencyjnych