Polimorfizmy w genie LCT

Najczęstszą przyczyną nietolerancji laktozy jest pierwotny niedobór laktazy, czyli enzymu rozkładającego laktozę. Ujawnia się on zazwyczaj w wieku dojrzewania i u osób dorosłych. Bez laktazy nie jest możliwy rozkład laktozy; niestrawiona laktoza pozostaje w jelitach. Tam pod wpływem bakterii jelitowych ulega fermentacji. Wytwarzana jest duża ilość gazów, co powoduje nieprzyjemnie dolegliwości ze strony układu pokarmowego (bóle brzucha, biegunka, kolki, wzdęcia, uczucie pełności, przelewanie i odbijanie). Dolegliwości mogą pojawić się nawet kilkanaście godzin po spożyciu produktów zawierających laktozę. Nietolerancja laktozy może mieć również charakter przejściowy i być następstwem przyjmowania leków niszczących błonę śluzową żołądka lub chorób takich jak: celiakia, czy lamblioza. Mówimy wtedy o wtórnej nietolerancji laktozy.

Polimorfizmy rs4988235 i rs182549 są zlokalizowane w obszarze regulatorowym genu LCT, który koduje laktazę – enzym zaangażowany w metabolizm laktozy. Mutacje występujące w genie LCT są związane z rozwojem pierwotnej nietolerancji laktozy. Każdy z tych polimorfizmów ma dwie wersje alleliczne: A i G. Warianty alleliczne rs4988235(G) oraz rs182549(G) kodują dysfunkcyjne wersje laktazy, które prowadzą do hipolaktazji.

Zestawy AmpliSNiP LCT (qPCR) umożliwiają analizę polimorfizmów rs4988235 oraz rs182549. Mieszanina reakcyjna RM każdego zestawu zawiera dwie sondy zaprojektowane tak, aby każda z nich wiązała się specyficznie do sekwencji zawierającej inny nukleotyd w miejscu polimorficznym. Sonda znakowana barwnikiem FAM jest komplementarna do sekwencji zawierającej nukleotyd G, natomiast sonda znakowana barwnikiem HEX – do sekwencji zawierającej nukleotyd A. Reakcja qPCR jest typu duplex. Do zestawu dołączone są kontrole pozytywne zawierające obie wersje badanego polimorfizmu, co umożliwia kontrolę poprawnego przebiegu reakcji qPCR.